孙宁宁
- 作品数：7 被引量：24H指数：3
- 供职机构：吉林大学第二医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金吉林省科技发展计划基金更多>>
- 相关领域：医药卫生理学生物学更多>>
- 利用非天然氨基酸代谢掺入法检测新生成蛋白被引量：3
- 2018年
- 以脂多糖(Lipopolysaccharide,LPS)刺激Raw264.7细胞产生肿瘤坏死因子α(Tumor necrosis factorα,TNF-α)为模型体系,建立了非天然氨基酸代谢掺入法检测特定新生成蛋白的方法。通过代谢掺入的方法,使细胞中的蛋白质,特别是新生成的蛋白质一级结构中掺入非天然氨基酸,即带有叠氮基团的甲硫氨酸类似物(Azidohomoalanine,AHA)。考察了在不同浓度的LPS和FBS,以及不同的刺激时间等条件下,LPS刺激Raw264.7细胞产生TNF-α的实验参数,确定了最优的实验条件为:在含有1%胎牛血清的无甲硫氨酸(Met)的DMEM培养基中,分别在不加LPS和加10 ng/m L的LPS条件下刺激Raw264.7细胞4 h,在刺激细胞的同时掺入AHA。利用Cu+催化的叠氮基团与带有生物素(Biotin)标签的炔烃基团的环加成反应,使蛋白质标记上Biotin标签。利用吸附在固相载体上的抗体特异性捕获TNF-α分子,再用耦联辣根过氧化物酶(Horseradish peroxidase,HRP)的链霉亲和素(Streptavidin)对TNF-α分子上的Biotin进行识别,实现对特定的新生成蛋白质(TNF-α)进行检测。本方法为检测特定微量新生成蛋白、表征特定蛋白质的周转等研究提供了新的思路法。
- 崔秀雲孙宁宁谢小娜孙万春赵晴刘宁
- 关键词：非天然氨基酸肿瘤坏死因子Α点击化学
- 低浓度甲醛对多肽和蛋白化学修饰的质谱研究被引量：6
- 2016年
- 采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)和纳升电喷雾四极杆飞行时间串联质谱(Nano-ESI-QTOF MS)技术,以标准肽段和流感病毒基质蛋白酶切肽段为模型,研究了甲醛对蛋白质和多肽主链的修饰作用。采用与实际病毒灭活过程一致的实验条件(4℃,0.025%(V/V)福尔马林(37%(w/w)甲醛溶液)处理72 h),进行甲醛与多肽的化学反应。结果表明,在实验条件下,甲醛能与标准肽段N端的氨基反应生成羟甲基加合物,再发生缩合反应生成亚胺,形成+12 Da的产物。此外,甲醛还能与标准肽段中的精氨酸、赖氨酸的侧链发生反应,生成+12 Da的反应产物。对流感病毒基质蛋白的酶切肽段与甲醛的反应的质谱分析结果显示,多数的肽段都生成了+24 Da的产物,质量的增加来源于肽段N端氨基(+12 Da)和C端精氨酸或赖氨酸的侧链(+12 Da)的贡献。此外,还观察到有一个漏切位点的肽段生成了+36 Da的产物。本研究结果表明,在实验条件下,低浓度甲醛主要与肽段和蛋白的N端氨基,以及精氨酸和赖氨酸侧链发生反应。本研究为分析低浓度甲醛与蛋白质的反应产物提供了有效的质谱分析方法和解谱依据。
- 王子健杨静波李光谱孙宁宁孙万春彭其胜刘宁
- 关键词：甲醛多肽基质蛋白化学修饰质谱
- 利用生物正交反应研究流感病毒在宿主细胞中的动态过程
- 生命活动是动态的,蛋白质作为生命活动中起重要作用的生物大分子,无时无刻不在通过各种代谢途径进行着自我更新。而任何外界的刺激信号也能够使机体细胞通过合成新的蛋白以快速适应环境的变化。我们利用生物正交反应,在细胞基因翻译过程...
- 孙宁宁高祥王子健程欣刘宁
- 关键词：点击化学流感病毒质谱
- 文献传递
- 基于不同裂解液的蛋白质组样品制备方法的比较研究被引量：2
- 2015年
- 蛋白质组学研究所面临的首要问题就是蛋白质组的样品制备,而不同的样品制备方案针对细胞、组织等样品的裂解能力,以及对不同种类蛋白的溶解能力会有很大的差异。本研究以培养的293T细胞为对象,利用质谱分析鉴定蛋白的方法,比较了采用3种常用的蛋白质组样品制备方法(Triton X-100法、尿素法和TRIzol法)所提取蛋白种类的差异,并利用生物信息学工具对所得数据进行了分析。结果表明,Triton X-100法和尿素法所提取蛋白的鉴定数目接近,而TRIzol法所提取蛋白的鉴定数目比二者减少约8%。从所鉴定的蛋白种类来看,3种方法相差较大,仅约有32%的蛋白为3种方法所共有,生物学功能也不尽相同。本研究为评价各种蛋白质组样品制备方法提供了一种快速、有效、全面的研究方法。
- 孙宁宁王子健高祥程欣孙万春杨静波刘宁
- 关键词：蛋白质组尿素TRIZOL液相色谱-质谱联用
- 比较蛋白质组学在肿瘤生物标记物研究中的应用策略被引量：1
- 2014年
- 肿瘤是由多重因素引起的复杂疾病,受多种基因的调控。基因的表达方式错综复杂,从mRNA表达水平并不能准确预测蛋白质的表达水平,蛋白质的动态修饰和加工并非必须受基因序列的调控。而且蛋白质是细胞功能的真正执行者,可以动态反映生物系统,肿瘤细胞的形成必然涉及蛋白质组的变化。因此,利用蛋白质组学技术研究具有临床应用价值的肿瘤生物标记物具有重要的意义。其核心研究思路是通过分析肿瘤细胞/组织等样品中的蛋白质组,寻找肿瘤患者与正常人的蛋白质组的异同。
- 孙宁宁高祥李玲霞宋丽娜李晓鸥王子健刘宁武利涛
- 关键词：比较蛋白质组学生物标记物蛋白质组学技术MRNA表达基因序列复杂疾病
- 流感病毒蛋白棕榈酰化修饰的研究进展被引量：1
- 2016年
- 脂类修饰是一种重要的蛋白质翻译后修饰,流感病毒蛋白可发生不同类型的脂酰化修饰,其中棕榈酰化修饰是其脂类修饰的主要形式,棕榈酰化修饰对流感病毒蛋白的运输、疏水性、胞内定位等具有重要意义,同时在流感病毒装配、膜融合时发挥重要作用。目前,对蛋白棕榈酰化修饰的研究方法主要有放射性同位素标记法、酰基-生物素置换法(acyl-biotinyl exchange,ABE)、质谱检测法。本文对流感病毒蛋白棕榈酰化修饰的研究进展及其分析方法作一综述,为进一步了解流感病毒蛋白棕榈酰化的机制提供参考。
- 高祥王子健孙宁宁刘宁
- 关键词：流感病毒病毒蛋白
- 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌及其对万古霉素耐药的研究进展被引量：11
- 2016年
- 随着抗菌药物的滥用,细菌耐药现象日趋严重,尤其是革兰阳性致病菌,如金黄色葡萄球菌,凝固酶阴性葡萄球菌和肠球菌,并导致多重耐药菌株（如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,MRSA）的产生。临床上治疗MRSA的首选对策就是万古霉素。但是万古霉素的不合理使用,进一步导致耐万古霉素菌株或者万古霉素中介的菌株产生。
- 程欣李晓鸥刘晓峰王子健高祥孙宁宁黄颖刘宁
- 关键词：凝固酶多重耐药菌株苯唑西林肉汤稀释法
