侯妍妍
- 作品数：4 被引量：16H指数：1
- 供职机构：军事医学科学院基础医学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- MiRscreen:一种基于遗传算法和支持向量机的microRNA前体识别方法
- 2008年
- 目的:构建具有高敏感性和高特异性的microRNA前体(pre-miRNA)识别模型。方法:根据300例经实验验证的人pre-miRNA和300例从3′UTR折成茎环结构的片段中随机选取的阴性样本,基于支持向量机方法构建了区分pre-miRNA和pseudo pre-miRNA的分类器MiRscreen。为提高分类器的性能,我们采用遗传算法搜索影响分类器性能的2个重要参数C和γ。结果与结论:该分类器对训练集的敏感性为99.33%,特异性为100%,对剩余的91例人pre-miRNA和91例3′UTR中的pseudo pre-miRNA敏感性和特异性分别达到91.21%(83/91)和93.41%(85/91)。在除人以外的其他20种动物和病毒的1353例pre-miRNA中,MiRscreen正确判断出其中的1192例,敏感性达到88.10%,其中马雷克病病毒、猕猴淋巴隐病毒、EB病毒、猿猴病毒40、非洲爪蟾、狗、绵羊和猕猴共计8个物种的敏感性达到100%;在随机抽取的100条RefSeq基因折叠形成的556例pseudo pre-miRNA和随机抽取的797例人19号染色体折叠形成的pseudo pre-miRNA(共计1353例混合阴性样本)中,MiRscreen的特异性达到85.14%(1152/1353)。与其他6种同类方法相比,MiRscreen在敏感性和特异性方面均具有较好的性能,分类精度最高,达到86.62%,比其他方法高6%以上;MiRscreen的AUC值达到0.938,也明显高于其他方法。
- 侯妍妍李华应晓敏李伍举
- 关键词：微RNAS遗传算法支持向量机
- 基于机器学习的microRNA预测方法研究
- 目的:MicroRNAs (miRNAs)是近年来发现的一类长度为～21nt的内源、单链的非编码小RNA,在生物体内发挥着重要的调控功能。到目前为止已有4000多个miRNA被陆续发现,它们广泛地存在于55个物种中。尽管...
- 侯妍妍
- 关键词：MICRORNA遗传算法支持向量机
- 文献传递
- 基于SVM方法构建细菌sRNA靶标预测模型
- 2008年
- 目的:为实验方法鉴定细菌sRNA靶标和研究sRNA功能提供生物信息学支持。方法:首先以实验证实的132个sRNA与靶标相互作用数据为训练集,其中包含46个阳性数据和86个阴性数据;其次,以实验证实的22个阳性数据和随机生成的1 700个阴性数据为测试集;最后以RNA二级结构谱等特征为变量,运用支持向量机(SVM)方法构建sRNA靶标预测数学模型。结果和结论:构建的模型对训练集的敏感性和特异性均为100%,对测试集的敏感性和特异性分别为72.73%和80.65%。所构建的数学模型为实验发现sRNA靶标提供了生物信息学支持。
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- 关键词：SRNA靶标SVM
- microRNA计算发现方法的研究进展被引量：16
- 2008年
- microRNA(miRNA)是近几年发现的一类长度为～21nt的内源非编码小RNA,在植物和动物中发挥着重要而广泛的调控功能。它的发现主要有cDNA克隆测序和计算发现两条途径。由于cDNA克隆测序方法受miRNA表达的时间和组织特异性以及表达水平的影响,而计算发现可以弥补其不足,因此miRNA的计算发现方法研究受到了广泛的重视。文章对近几年计算发现miRNA的研究进展进行了综述,根据计算发现方法的本质,将计算发现方法归纳为5类,分别是同源片段搜索方法、基于比较基因组学的预测方法、基于序列和结构特征打分的预测方法、结合作用靶标的预测方法和基于机器学习的预测方法,并对各类方法的原理、核心思想、优点和局限性进行了分析,最后探讨了进一步的发展方向。
- 侯妍妍应晓敏李伍举
- 关键词：MICRORNA比较基因组学
