陈宇凌
- 作品数：7 被引量：6H指数：2
- 供职机构：清华大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：山东省医药卫生科技发展计划项目中国博士后科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学理学更多>>
- 定量蛋白质组学分析PknG在分枝杆菌中的功能被引量：3
- 2014年
- 丝氨酸苏氨酸蛋白激酶G(PknG)是分枝杆菌中一个类似于真核生物蛋白激酶C的蛋白质,对结核分枝杆菌的生长和新陈代谢等生理过程,以及结核分枝杆菌的耐药和在宿主细胞中的存活都起着重要的调节作用.本文在耻垢分枝杆菌(Mycobacterium smegmatis)mc2155中构建了过表达结核分枝杆菌PknG的重组菌株PknG-mc2155,并发现PknG-mc2155的生长速度慢于mc2155.应用化学修饰结合LC-LC-MS/MS的定量蛋白质组学方法,在mc2155和PknG-mc2155中鉴定到了176种有差异表达的蛋白,其中152种蛋白在PknG-mc2155中表达下调,24种蛋白表达上调.这些差异表达的蛋白参与了多个细胞过程,包括代谢、蛋白翻译等.基于这些结果,我们推测PknG-mc2155生长速度慢的原因是因为代谢相关酶如GlpK,ALD和DesA1等蛋白表达的下调;而Ag85A,Ag85C,SecA2等蛋白的上调则增强细菌的感染性;另外KatG蛋白的下调提示PknG的过表达增强了菌株的抗药性.代谢组学分析发现谷氨酸和谷氨酰胺在PknG-mc2155中的水平低于在mc2155中水平,证实了PknG影响谷氨酰胺的稳态平衡.利用蛋白质磷酸化分析,我们发现PknG的苏氨酸残基T-320上有一个自磷酸化修饰,而且在PknG-mc2155菌株中,也鉴定到gltA和glmM上的磷酸化修饰,显示gltA和glmM是PknG的底物.本研究为理解PknG的功能和作用机制提供了新的依据和解释,为深入研究PknG在结核分枝杆菌中的功能奠定了基础,我们的结果也表明蛋白质组学技术是系统研究细菌蛋白质功能的重要工具.
- 陈宇凌江晓勇杨帆王清涛米凯霞邓海腾
- 关键词：分枝杆菌定量蛋白质组学
- GIT2、CA9蛋白促进ccRCC发生与发展的蛋白质组学研究
- 肾上皮细胞癌(RCC)是最常见的肾脏恶性肿瘤之一,全球范围内每年大约有15000人死于肾上皮细胞癌[1]。最近的研究表明其发病率和死亡率都呈上升趋势[2,3]。其中RCCs的一个最常见的子类型是肾透明细胞癌(ccRCC)...
- 许嘉桐陈宇凌邓海腾
- 关键词：蛋白质组学肾透明细胞癌
- 文献传递
- 基于乙酰化组学研究SIRT3在ccRCC中的作用机理
- 肾透明细胞癌(ccRCC)是肾癌的主要类型,占肾癌的75%。ccRCC的典型特征在于具有Warburg效应代谢重编程的表型,包括线粒体功能障碍和脂肪储存量的升高[1]。在我们先前的研究中发现,在18对ccRCC临床样本中...
- 刘欢陈宇凌邓海腾
- 关键词：TFAM
- 文献传递
- 肾透明细胞癌生物标记物的鉴定和验证
- 肾细胞癌作为泌尿系统主要的一种肿瘤,占成人恶性肿瘤的2-3％,恶性程度较高。肾透明细胞癌(ccRCC)是最常见的一种肾癌,占所有肾癌的70-80％。基因分析表明,大部分的ccRCC中,由于等位基因丢失等原因,造成VHL基...
- 陈宇凌邓海腾
- 关键词：肾透明细胞癌蛋白质组学HSP60VIMENTIN
- 鼠疫耶尔森氏菌分泌组学和比较蛋白组学研究
- 鼠疫耶尔森氏菌是我国法定甲类传染病，是一种病死率高、传染性强的自然疫源性疾病。鼠疫主要以蚤为传播媒介在啮齿类动物间传播。鼠疫菌在通过蚤叮咬进入宿主的过程中，必须快速适应外界环境的改变，在宿主体内存活、定殖并最终建立系统性...
- 曹诗洋陈宇凌谭亚芳刘万兵邓海腾杜宗敏
- SIRT3过表达通过调控细胞代谢转换抑制肾肿瘤细胞的增殖被引量：3
- 2019年
- 目的:研究SIRT3对肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma, ccRCC)769-P细胞增殖和抗氧化能力的影响,并进一步探究其作用机制。方法:在769-P细胞的基础上构建SIRT3过表达稳转细胞系;利用CCK-8试剂检测769-P SIRT3过表达细胞的增殖速度;利用CellROX~Deep Red染料并结合流式细胞分析检测SIRT3过表达对769-P细胞中ROS水平的影响;利用定量蛋白质组学和代谢组学的方法,探究SIRT3对769-P细胞的作用机制。结果:CCK-8实验结果表明,769-P SIRT3过表达细胞的生长速度与对照细胞相比下降了约48%;定量蛋白质组学分析显示,769-P SIRT3过表达细胞中ALDOA、ALDOA、ENO2、PKM、LDHA、LDHB表达量下调约0.4至0.7倍,SDHB和CS上调约1.3倍;代谢组学分析显示,PEP、pyruvic acid、lactate、carnitine水平下降约0.4至0.7倍,isocitric acid和acetyl-CoA水平升高分别约1.3和2.8倍;分析还显示SIRT3过表达上调SOD2、TXN、GPX4和GLRX5的表达量约1.3至2倍,降低ROS水平约40%,增强细胞对过氧化氢的耐受力。结论:SIRT3过表达引起769-P细胞的代谢转换,从而抑制其增殖;且上调769-P细胞中抗氧化酶的表达,降低ROS水平,增强细胞的抗氧化能力。
- 刘欢陈宇凌徐仁华许嘉桐邓海腾
- 关键词：肾透明细胞癌定量蛋白质组学代谢组学
- 热蛋白质组学分析鉴定TH588的靶标蛋白
- 2021年
- 通过对活性小分子靶标蛋白的鉴定,可以建立活性小分子与细胞表型之间的联系,阐明活性小分子的功能和作用机理,对小分子药物的研发具有重要意义。热蛋白组学分析(thermal proteome profiling,TPP)是基于蛋白-配体结合可以增加蛋白热稳定性这一原理发展的鉴定活性小分子靶标蛋白的新技术,相较于其他小分子靶点鉴定方法,其最大的优点是不需要对活性小分子进行化学修饰,极大地拓宽了该方法的应用范围。TH588是7,8-二氢-8-氧鸟嘌呤三磷酸酶(MTH1)的抑制剂,通过抑制MTH1活性,增加肿瘤细胞DNA的氧化损伤,抑制肿瘤细胞的增殖。前期研究表明,TH588可发挥MTH1非依赖的抗肿瘤功能,因此鉴定TH588的脱靶靶标对理解TH588的作用机制并进行相关的分子结构改造至关重要。本研究通过鉴定TH588在细胞中的蛋白靶标,系统地介绍TPP技术的实施和优化;并对鉴定的28个TH588直接靶标和53个间接靶标进行生物信息学分析,为探究TH588抗肿瘤的作用机制提供实验依据。
- 刘宗元朱松标邓海腾陈宇凌
