耿合员
- 作品数：16 被引量：87H指数：4
- 供职机构：中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所更多>>
- 发文基金：艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项江苏省自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 2012年发现的新冠状病毒分子检测方法的建立与探针优化被引量：3
- 2012年
- 目的建立2012年确定的新冠状病毒的分子检测方法，并筛选优化引物与探针。方法依据最先发表的208bp长的新冠状病毒1b片段核酸序列，比对分析后设计合成常规RT—PCR引物1对及荧光定量RT—PCR引物1对与TaqMan探针2条（TZl，TZ2），同时合成锁核酸修饰的TaqMan探针2条（LNA-TZl，LNA-TZ2）。建立检测新冠状病毒感染的常规RT—PCR方法与4种荧光定量RT—PCR，分析比较其灵敏度与特异性，同时参照欧洲发表的2种荧光定量RT—PCR引物与探针对（upE，ORFlb）建立相应方法，以合成的阳性模板比较6对荧光定量RT—PCR引物与探针的检出灵敏度。结果所合成的常规RT—PCR与荧光定量RT—PCR引物与探针皆有较好特异性，不能扩增其他人冠状病毒模板及常见呼吸道病毒模板，检出下限达50～500拷贝／反应。锁核酸修饰TaqMan探针可改善荧光定量PCR检测方法的反应性能，经锁核酸修饰的TaqMan探针与常规TaqMan探针相比，检出率提高10倍左右，其中LNA—TZl与upE探针对具最佳反应性能。结论本研究所建立的常规RT—PCR与荧光定量RT—PCR可用于新冠状病毒的分子检测，并推荐使用LNA—TZl与upE探针对。本研究为新冠状病毒分子检测方法应用与改进奠定了基础。
- 周为民陆柔剑耿合员李辉段希洁杨扬谭文杰
- 关键词：冠状病毒属分子诊断技术核酸类
- 基于颜色判定的RT-LAMP技术检测HCoV-OC43冠状病毒被引量：5
- 2018年
- 目的 建立基于颜色判定的适用于国境口岸简便、快速、灵敏和特异的逆转录环介导等温扩增(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)方法检测人冠状病毒OC43(HCoV-OC43)核酸。方法 通过序列比对,选择HCoV-OC43(Gen Bank号:KU131570)为参考株,根据其核衣壳(nucleocapsid,N)蛋白基因保守区序列设计6条特异性引物,在65℃等温条件下扩增45min。在扩增前加入钙黄绿素作为反应指示剂,以最终反应颜色变化作为结果判断标准。对病毒核酸依次倍比稀释以检验该方法的灵敏性;同时,对甲型、乙型流感病毒和其他HCoV进行检测,以检验该方法的特异性。结果 通过引物筛选最终选定了1组特异性引物,仅能与HCoV-OC43病毒核酸产生特异性反应并出现颜色改变,而与其他病毒均不能产生颜色变化,具有较高的特异性。与常规荧光定量RT-PCR法相比,该方法检测灵敏度达5.6拷贝/反应,灵敏度更高,且在短时间内达到对HCoV-OC43基因快速检测的目的。结论 建立的基于颜色判定的RT-LAMP方法可实现对HCoV-OC43病毒快速、灵敏、特异性检测,具有在国境口岸以及基层医疗机构和疫区现场推广应用的潜力。
- 耿合员汪圣强吴海磊易海华于九洋孙悦邢琛丁均秋雯曹晓蕴
- 关键词：人冠状病毒
- 人冠状病毒 NL63中国株的全基因组克隆与序列分析
- 2014年
- 目的：对来自北京儿童医院的两份人冠状病毒NL63（human coronavirus NL63， HCoV-NL63）阳性样本进行病毒全基因组序列测定和分析。方法以荷兰株（NL63_Amsterdam 1）为参考株，设计18对包含重叠区域的、覆盖全长基因组的引物，采用病毒RNA提取、RT-PCR分段克隆测序的方法获得NL63国内株全长基因组序列；通过与其他毒株的比对分析，构建其系统发生树。结果NL63国内株基因组全长27538 bp，与参考株核苷酸相似性为99．1％，其中在1a区有连续15个碱基的缺失。系统发生分析表明，NL63目前可分为A型、B型、C型和D型共4个基因型，而国内株处在新的基因型（ D型）。结论本研究首次获得了两株NL63国内分离株的全基因组序列，进一步阐明了基因组的结构特征，对其遗传进化作了系统分析，为国内NL63病毒的分子流行病学研究提供参考。
- 耿合员崔丽瑾陆柔剑赵莉谭文杰
- 关键词：HCOV-NL63系统发生分析CORONAVIRUS
- 快速检测人冠状病毒NL63基因的专用引物和试剂盒及其使用方法
- 本发明公开了一种快速检测人冠状病毒NL63基因的专用引物，该专用引物由六条引物构成，分别为F3、FIP和BIP、B3以及LF、LB；F3和B3为两条外引物，FIP由F1和F2组成和BIP由B1和B2组成为两条内引物，LF...
- 耿合员汪圣强肖雨张汀顾高浪谢晓谦谭文杰苏川
- 文献传递
- “一带一路”倡议下输入性蚊媒传染病的防控被引量：39
- 2018年
- 蚊子是多种传染病的传播媒介,是全球公认的危害人类健康的"头号杀手"。随着"一带一路"倡议的推进,以及合作国家和地区的不断增多,我国对外国际交流与合作也将进一步增加。在此背景下,境外输入传染病的风险也将增高,一些我国已得到有效控制或不常见蚊媒传染病,通过境外输入而引起我国继发传播与流行的风险也进一步增加,有可能严重威胁我国人民的身体健康和生命安全。本文主要就当前主要蚊媒传染病的输入风险及防控对策进行述评,为我国出入境卫生检疫和输入性蚊媒传染病的防控提供借鉴和参考。
- 汪圣强杨蒙蒙朱国鼎孙立新耿合员曹俊羊海涛
- 关键词：蚊媒传染病防控对策
- 实时荧光PCR在乙肝病毒DNA检测中的临床意义被引量：9
- 2015年
- 目的用实时荧光定量PCR检测乙型肝炎患者HBV DNA结果进行分析,以探讨其临床诊疗意义。方法对630例血清标本用时间分辨荧光免疫技术定量测定乙肝炎病毒血清学指标,用荧光定量PCR法检测血标本中的HBVDNA,并依据乙肝两对半结果进行归类分组。结果 630份标本中,大三阳206例标本中有173份HBV-DNA为阳性,阳性率为84.0%,其PCR定量拷贝数为(2.13±0.72)×107/ml;小三阳211例中有64份HBV-DNA阳性,阳性率达到30.3%,PCR定量拷贝数为(1.61±0.85)×106/ml;69份HBs Ab(+)、HBe Ab(+)、HBc Ab(+)标本有33份HBV-DNA阳性,阳性率47.8%;27份HBs Ag(+)、HBc Ab(+)标本中有8份HBV-DNA为阳性,阳性率为29.6%;22份HBe Ab(+)、HBc Ab(+)标本有3份PCR HBV-DNA阳性,阳性率13.6%;20份HBs Ag(+)、HBs Ab(+)、HBe Ag(+)、HBc Ab(+)标本中有17份HBV-DNA为阳性,阳性率为85.0%;17份HBs Ab(+)、HBe Ab(+)阳性标本有3份PCR HBV-DNA阳性,阳性率为17.6%;13份HBs Ab(+)、HBc Ab(+)标本有1份HBV-DNA阳性,阳性率7.7%;12份HBc Ab(+)标本有5份PCR HBV-DNA阳性,阳性率为41.7%;2份HBs Ab(+)的标本HBV-DNA均为阴性,PCR定量拷贝数为<1.00E×103;1份HBs Ag(+)标本HBV-DNA均为阳性,阳性率为100%;其余30例全阴性结果和各少见模式基本未见有HBV-DNA的检出。结论 PCR定量测定HBV-DNA可以真实反映体内乙肝病毒感染和复制及病毒载量情况,更有利于临床治疗和疗效观察。
- 汪圣强耿合员殷鹏飞房聪穆会君
- 关键词：乙肝血清标志物时间分辨荧光免疫技术荧光定量PCR技术
- 粪-口途径——不为人知的中东呼吸综合征冠状病毒传播的新途径被引量：4
- 2017年
- 中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)在人群中传播已经有五年之久,目前依旧活跃在中东国家和地区,病死率高达35%。尽管全球的科学家都致力于中东呼吸综合征的相关研究,但该疾病与公共健康相关的一些关键因素如病毒的传播模式和传染途径等,人类还知之甚少。流行病学统计表明,除了呼吸道传播,食用未烹饪熟的骆驼肉和骆驼奶也能导致患病;韩国中东呼吸综合征(MERS)大爆发期间,共用医疗环境也能导致患病。这提示人们MERS可能存在不为人知的传播新途径。2017年11月,香港大学袁国勇教授课题组联合军事医学科学院周玉森教授课题组,基于大量实验证明,粪-口途径是MERS传播的新途径。这为MERS的预防及治疗的策略的制订。
- 朱娜耿合员陈涛
- 关键词：消化道感染
- 江苏口岸传染病监测结果分析被引量：2
- 2015年
- 目的分析江苏部分口岸出入境人员传染病监测结果。方法收集江苏部分口岸出入境传染病监测资料,对传染病监测情况进行统计分析。结果甲型流感病毒阳性检出率最高（P〈0.05）。各类传染病感染检出构成比逐年上升,2014年最高（P〈0.05）。19~40岁年龄段各类传染病感染构成比最高（P〈0.05）。结论口岸传染病监测中,应强化高发传染病检出,加强重点年龄段体检,控制传染病流行。
- 汪圣强耿合员殷鹏飞房聪
- 关键词：出入境传染病监测
- 新近发现的冠状病毒研究进展被引量：22
- 2013年
- 冠状病毒是自然界中广泛存在的一大类家族,人和多种动物易感。人冠状病毒感染后,通常引起普通感冒症状,严重者能造成死亡。冠状病毒广泛的宿主性以及自身基因组的结构特征使其在进化过程中极易发生基因重组,呈现遗传多样性;新亚型及新的冠状病毒在此过程中不断出现。本文针对新近出现的冠状病毒,尤其是SARS样冠状病毒(SARS-like-CoVs)以及2012年发现的新型人冠状病毒EMC(HCoV-EMC)的基因组结构特征及冠状病毒跨种属传播机制的最新研究进展作简要论述。
- 耿合员谭文杰
- 关键词：基因组结构
- 样本采集与处理条件对中华按蚊转录组测序结果的影响被引量：1
- 2020年
- 中华按蚊是严重威胁人类健康的害虫,对其生物样本进行转录组分析是风险评估与监测的常用重要手段。本文评估了吸血、存活状态及妥善存入RNA贮存液前的冷冻时间等变量对于中华按蚊转录组测序及分析结果的影响。研究共对4组12个中华按蚊野生样本进行测序,获得48775个基因及其对应表达量。各样本质量通过核心直系同源基因与检出Unigene完整性进行衡量,计算过程与结果数据均通过统计学显著性检测(Qvalue≤0.01)。结果显示,吸血活体且保存至RNA贮存液前未经冷冻的样本质量最佳,其核心直系同源基因与检出Unigene完整性均超过90%。非吸血样本组装结果呈碎片化,表现为整体检出基因比例高达94.07%,但完整核心直系同源基因比例却仅为63.3%。冷冻过程对转录组测序结果影响极为严重,无论个体冷冻前存活与否,20 min左右即可导致20%以上的基因缺失。本研究为评估中华按蚊转录组数据有效性,以及之后提升相关研究的准确性提供了理论基础与数据支持。
- 耿合员耿合员王渊何江聂国嫒胡双双孙立新
- 关键词：中华按蚊转录组测序生物信息学
