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夏丹

作品数：31 被引量：114H指数：6
供职机构：广州市疾病预防控制中心更多>>
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相关领域：医药卫生农业科学轻工技术与工程更多>>

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文献类型

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领域

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  • 7篇禽流感病毒
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  • 3篇奈瑟菌
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机构

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  • 1篇广东省疾病预...
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作者

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传媒

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  • 1篇中国预防医学...
  • 1篇中国热带医学

年份

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  • 3篇2012
  • 1篇2011
共 31 条 记 录，以下是 1-10
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2016-2018年广州市H6亚型禽流感病毒外环境分离株HA基因遗传特征分析被引量：2
2019年
目的对广州禽类市场外环境H6亚型禽流感病毒进行分离和测序,分析HA基因遗传进化特点。方法通过接种鸡胚分离H6亚型禽流感病毒,采用RT-PCR方法扩增HA基因全长序列并测序,通过DNA Star7.1和MEGA 4.0软件,分析HA基因遗传特征。结果2016-2018年广州禽类市场外环境分离到6株H6亚型禽流感病毒,HA基因核苷酸同源性在81.0%~99.1%之间。基因序列特征分析显示,所有分离株裂解位点序列相对保守,只有1个碱性氨基酸插入,呈现低致病性禽流感病毒分子特点。受体结合位点均为226Q和228G,为禽类呼吸道上皮受体结合位点。2016年分离株发现183-NNT糖基化位点的缺失。进化分析显示,广州早期分离株属于广东常见的ST2853-like分支,但2018年监测发现了ST339-like新流行分支病毒。结论广州地区H6亚型禽流感病毒尚为禽类低致病性病毒,本研究毒株HA基因变异较大,2018年毒株出现多遗传分支进化趋势,因此需要继续监测H6亚型禽流感病毒的流行和变异。
曹蓝李魁彪鲁恩洁陈艺韵刘艳慧夏丹狄飚
关键词：HA基因
新冠疫情大流行期间广州市H3N2流感病毒分子流行特征分析
2024年
分析新型冠状病毒疫情(新冠疫情)大流行期间广州市H3N2流感病毒分子变异特征。收集流感监测哨点医院流感样病例样本,进行病毒分离和全基因组高通量测序。结果显示,新冠疫情大流行期间广州市在2022年第二季度出现了一次H3N2流感流行高峰(阳性率为52.23%),流行强度和持续时间均高于2019年H3N2流感流行期。2022年流行株HA基因和NA基因均属于3C.2a1b.2a.1a.1分支,与2019年冬季的H3N2流行株进化分支(Group-3 毒株3C.2a1b.1a)不同。2022年流行株抗原位点变异主要发生在C区I48T位,HA蛋白受体结合位点与疫苗株一致。大部分流行株在HA蛋白上带有13个糖基化位点,一起暴发疫情分离株发生24-NST处糖基化位点的缺失。综上,新冠疫情大流行期间,引起广州市2022年H3N2流感流行的病毒株属于新衍生进化分支,进化起源上并非由2019年广州市毒株直接传播进化而来。
曹蓝周腾飞陈艺韵马蒙蒙夏丹刘艳慧李魁彪狄飚秦鹏哲张周斌
关键词：分子变异新型冠状病毒
不同来源肠炎沙门菌的溯源研究被引量：5
2012年
目的:应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对不同来源的肠炎沙门菌进行分子分型,为政府部门修订相关的卫生法规提供了重要科学依据。方法:采用限制性内切酶Xba I,对广州地区2009-2011年间从业人员健康体检和食物中毒中检出的36株肠炎沙门菌进行PFGE分子分型,用BioNumerics Version 4.0软件(复选Dice相关系数和UPGMA方法)进行聚类分析。结果:36株肠炎沙门菌PFGE图谱显示菌株之间密切相关,相似度在88.8%～100%。结论:从业人员健康体检和食物中毒分离的肠炎沙门菌菌株之间存在较高分子水平的同源性,提示健康带菌从业人员是沙门菌食物中毒不可忽视的污染源。
邓志爱侯水平张颖张欣强庞杏林胡肖娟夏丹
关键词：肠炎沙门菌食物中毒从业人员体检
2020年广州市外环境禽流感病毒监测与职业暴露人群血清学分析
2023年
目的分析2020年广州市新冠肺炎常态化管理背景下,禽类市场外环境禽流感病毒的污染情况和职业暴露人群的感染现状,为人禽流感疫情的防控提供科学依据。方法2020年1—12月在广州市每个社区卫生服务中心辖区内选择1家禽类市场进行抽样,实时荧光定量PCR方法检测A型及H5、H7、H9亚型禽流感病毒核酸。采集职业暴露人群的血清标本,使用血凝抑制试验方法检测抗体滴度。结果共检测17068份环境标本,A型及H5、H7、H9亚型禽流感病毒核酸阳性检出率分别为16.94%、1.90%、0.12%、12.66%,H9亚型占A型禽流感病毒总阳性率的74.71%。8~9月和12月出现2次流行高峰,2~3月阳性率最低。广州市周边城区各型别禽流感病毒核酸阳性检出率高于中心城区(χ^(2)=1118.120、86.531、9.576、881.309,P<0.05)。A型禽流感病毒核酸阳性检出率最高的标本类型分别为禽类饮用水(26.10%)、脱毛机内壁(21.49%)和档口地面(21.08%)。1712份血清标本,48份为血凝素抗体阳性,H5、H7、H9亚型禽流感病毒均有检出。结论2020年广州市禽类市场外环境禽流感病毒以H9亚型为主,H5、H7亚型共流行,职业暴露人群存在禽流感病毒隐性感染,应加强主动监测。
夏丹刘艳慧曹蓝陈艺韵朱娉婷李魁彪狄飚
关键词：禽流感
广州市两例B群流脑病例分离株的MLST分型研究被引量：2
2013年
目的对从广州市报告的两例B群流行性脑脊髓膜炎(流脑)病例中分离的4株脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis,Nm)进行多位点序列分型(multi-locus sequence typing,MLST)研究。方法分纯并提取菌株DNA、运用MLST分析对7个管家基因进行扩增并测序,确定菌株的序列型,对其相关性进行分析。结果两例病例分离株7个管家基因位点序列均不相同,第一例病例分离株的序列型为ST-7型,属高致病性ST-5complex/subgroup III克隆系;第二例病例分离株的序列型为新发现的ST-9804型。结论广州两例B群流脑病例虽然发生时间相近,但分属不同的序列型,无同源性。MLST分型技术对研究不同流脑病例间的流行病学关系有重要意义。
张欣强李孝权夏丹张晶崔敏
关键词：流行性脑脊髓膜炎脑膜炎奈瑟菌
甲型H3N2流感病毒基因特征全基因组测序分析被引量：2
2022年
目的通过对H3N2流感病毒进行全基因组序列基因特征分析,为H3N2流感的科学防控提供研究数据。方法选取2019年广东省广州市13株H3N2流感病毒进行全基因组序列测定,通过生物信息学软件分析各基因特征。结果各基因核苷酸同源性最低为94%,最高为100%,差异最大为NA基因(94%~100%),差异最小为PA基因(98.9%~100%)。各基因核苷酸位点变异率最高为NA基因(8.37%),最低为PA基因(2.14%),不同基因核苷酸变异率差异具有统计学意义(χ^(2)=123.503,P=0.000)。各基因均与疫苗株A/HONG KONG/2671/2019(H3N2)归属于同一进化分支,且来源于门诊监测毒株与暴发疫情毒株进化起源相同。根据流行时间的不同,HA、PB2、PB1、NP、M、NS基因可以继续划分为Group 1-3三个小分支,Group 1分支流行于2019年1-8月,Group 2分支流行于2019年11-12月,Group 3分支同时包含2019年1-8月和2019年11-12月流行期的毒株。结论2019年广州H3N2流感病毒与疫苗株位属于同一进化分支,不同来源毒株具有相同的进化起源。但全基因组在进化特点、同源性、分子变异率等方面存在基因多样性差异。
曹蓝李魁彪陈艺韵吴迪曾庆夏丹刘艳慧狄飚张周斌
关键词：全基因组基因进化
2011年广州市脑膜炎奈瑟菌分离株的分子特征分析被引量：2
2012年
目的对2011年广州市分离的6株脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis,N.meningitidis)进行分子特征分析。方法提取菌株基因组DNA,通过DNA序列测定分析外膜蛋白(outer membranes proteins,OMPs)编码基因porA、fetA可变区型别;通过多位点序列分型(multi-locus sequence typing,MLST),采用Splits Tree在线软件分析进化关系,研究其分子特征。结果 6株菌株的OMPs编码基因porA、fetA可变区型别均不相同;MLST分型显示其分属5个不同的序列型(Sequence Type,ST),其中2株B群菌株序列型为ST-5615,1株C群菌株序列型为ST-5542,1株血清不能分群菌株序列型为ST-2146,分离自健康带菌者和密切接触者的2株W135群菌株的序列型不同,其中密切接触者为高致病性的ST-11型,而健康带菌者为新发现的ST-9133型。结论广州市N.meningitidis的基因型具有多样性特点,本研究为完善我市N.meningitidis分型数据、研发新疫苗及免疫规划措施的制订提供参考。
张欣强李孝权张颖邓志爱庞杏林夏丹
关键词：脑膜炎奈瑟菌多位点序列分型
广州市两株人感染H5N6禽流感病毒全基因组序列特征分析被引量：4
2020年
H5N6禽流感是重要的人兽共患病,给公共卫生带来严重威胁。为研究人感染H5N6禽流感病毒的基因特征,本文对广州市两株人感染H5N6禽流感病毒进行全基因组序列扩增,应用生物信息学软件分析分子变异和遗传进化特征。结果显示:两毒株各基因片段同源性存在差异,血凝素(Hemagglutinin,HA)基因同源性最高为98.3%,PB2基因同源性最低为85.2%。A/Guangzhou/41641/2014(H5N6)病毒的HA、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)、聚合酶碱性蛋白2(Polymerase basic protein 2,PB2)基因与猫源毒株A/feline/Guangdong/1/2015(H5N6)亲缘关系较近,推测可能起源于共同祖先。两株病毒均为禽源高致病性病毒,HA和NA表面蛋白受体结合位点、裂解位点和耐药位点未发生变异。内部基因重要位点均有不同程度的变异,其中以41641病毒变异较大,并发生PB2蛋白E627K突变。两株病毒均发生与不同亚型病毒之间的重组现象,41641病毒的内部基因分别与H5和H9N2/H7N9发生重组,其中PB2和PB1基因分别与2013年暴发的华南分支和华东分支H7N9禽流感病毒亲缘关系相近,A/Guangzhou/37845/2015(H5N6)病毒的内部基因与H5N1/H5N6病毒发生重组。因此,广州市两株人感染H5N6禽流感病毒进化起源不同,属于两种不同的基因型,本研究推测2013年暴发的H7N9禽流感病毒在新型H5N6重组病毒的进化过程中起到重要作用。
曹蓝李魁彪刘艳慧陆剑云陈艺韵苏文哲鲁恩洁夏丹狄飚张周斌
关键词：基因重组进化
广州市2014-2019年H5亚型禽流感病毒流行与基因遗传特征分析被引量：4
2020年
目的分析广州市H5亚型禽流感病毒流行特点及基因进化和变异特征,为禽流感的防控提供依据。方法对2014-2019年广州市禽类市场外环境标本进行禽流感病毒核酸检测并分析H5亚型流行情况,随机选取48份(46份来源于环境和2份来源于病例)H5阳性标本进行HA和NA基因测序,应用生物信息学软件分析分子遗传特征。结果2014-2019年监测的52284份环境标本中,检出H5亚型阳性标本1094份,阳性率为2.09%。遗传进化分析显示,HA基因属于Clade 2.3.4.4.C分支,NA基因主要归属于欧亚谱系H6N6进化分支,HA和NA基因的进化以时间聚类为特点,相近年份流行株聚成一个进化分支。分子特征显示,48份毒株裂解位点呈现高致病性分子特点,受体结合位点仍为禽源受体,但普遍发生S123P、S133A和T156A倾向结合人源受体的位点突变。抗原位点变异主要出现在B、E区,并表现时间分布的特点,同一年份流行株常发生与上一年份流行株不同的抗原位点变异。2017年开始所有毒株出现由氨基酸缺失导致的糖基化位点的增加(140-NHT)。结论广州市禽类市场外环境H5亚型禽流感病毒长期流行,且阳性率占比逐渐升高。测序分析提示,广州市H5亚型禽流感病毒为Clade 2.3.4.4.C分支H5N6高致病性病毒,并且持续进化和变异,特别是普遍出现与人源受体结合能力增强的突变,需加强监测。
曹蓝刘艳慧李魁彪陆剑云鲁恩洁陈艺韵夏丹狄飚张周斌
关键词：禽流感遗传进化
广州市人感染H7N9禽流感病毒高致病性变异株监测与基因进化分析被引量：6
2019年
目的通过对广州市人感染H7N9禽流感病毒高致病性变异株基因变异和进化特点进行分析,掌握本地区H7N9病毒病原学特点,为疾病防控提供参考。方法选取2017年广州市人感染H7N9禽流感病毒阳性标本10份,提取核酸扩增HA、NA、M基因进行测序,通过生物信息学软件分析病毒重要蛋白突变情况和遗传进化特点。结果广州地区H7N9禽流感病毒基因同源性差异较大,大部分毒株基因与广东毒株同源性最高,部分毒株基因与河南、内蒙古等地毒株同源性最高。监测到5株病毒为H7N9禽流感病毒高致病性变异株,部分病毒出现了HA蛋白Q226L的突变,提示对人呼吸道上皮细胞SAα-2, 6Gal受体结合能力增加。HA蛋白和NA蛋白上糖基化位点均有一定的增加和缺失突变。HA、NA和M1蛋白上毒力相关位点均突变增强。M2蛋白均呈现耐药突变,同时监测到2株高致病性突变株出现对神经氨酸酶抑制剂的耐药突变。遗传进化结果显示,HA基因和NA基因在华南和华东分支均有分布,M1基因进化特点相对复杂,分别与华南地区H9N2、H7N9病毒,及北方地区的H7N9病毒重组。结论 2017年广州地区发现2株对达菲耐药的人感染H7N9禽流感病毒高致病性变异株。H7N9禽流感病毒在广州地区不断发生进化重组,具有遗传多样性和复杂性,提示高致病性耐药株有向华南以外地区传播的风险。
曹蓝李魁彪陆剑云陈艺韵刘艳慧鲁恩洁马钰夏丹刘文辉狄飚
关键词：基因变异遗传进化
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