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李文俊

作品数：1 被引量：0H指数：0
供职机构：青海大学医学院更多>>
发文基金：国家自然科学基金更多>>
相关领域：生物学医药卫生更多>>

合作作者

文献类型

  • 1篇中文期刊文章

领域

  • 1篇生物学
  • 1篇医药卫生

主题

  • 1篇生物信息
  • 1篇生物信息学
  • 1篇微小RNA
  • 1篇细胞
  • 1篇细胞系
  • 1篇基因
  • 1篇红细胞系
  • 1篇靶基因
  • 1篇MIR-21...

机构

  • 1篇青海大学

作者

  • 1篇刘芳
  • 1篇丁谨
  • 1篇曹艳
  • 1篇李文俊

传媒

  • 1篇山东医药

年份

  • 1篇2017
共 1 条 记 录，以下是 1-1
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排序方式：
miR-210的红细胞系相关下游靶基因预测
2017年
目的利用生物信息学方法预测miR-210的红细胞系(以下简称红系)相关下游靶基因。方法利用NCBI比对分析miR-210成熟序列在各哺乳动物之间的保守性。运用基因数据库筛选miR-210的下游靶基因。采用Cytoscape中的BINGO插件对预测的miR-210下游靶基因进行GO分类富集分析。筛选参与红系增殖、分化、凋亡的miR-210下游靶基因,采用DAVID和KEGG数据库进行信号转导通路富集分析后,预测miR-210的红系相关下游靶基因。利用Targetscan在线工具验证靶基因与miR-210的相互作用关系。结果 miR-210成熟序列在多物种间具有高度保守性。筛选出416个与miR-210相关性较高的预测靶基因,其分子功能集中在蛋白结合、离子跨膜运输活动、酶结合等,参与的生物学过程集中在细胞信号转导、突触传导等,参与构成的细胞组分主要有突触小泡、细胞质、细胞器等。筛选出26个与红系增殖、分化、凋亡密切相关的miR-210下游靶基因,参与调控的信号通路主要集中于癌症信号通路、PI3K-Akt信号通路等。初步确定Smad3、Mapk10、Stat5a、Ywhag、Ctgf、Kitl6基因与红系增殖、分化密切相关,其中Smad3、Mapk10、Stat5a、Ywhag、Kitl可能受miR-210的直接调控,Ctgf可能受miR-210的间接调控。结论初步筛选出miR-210的红系相关下游靶基因Smad3、Mapk10、Stat5a、Ywhag、Ctgf、Kitl6,这些靶基因可能与红系的增殖、分化有关。
施继禹刘芳丁谨曹艳李文俊
关键词：微小RNAMIR-210红细胞系靶基因生物信息学
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