李余动
- 作品数：18 被引量：66H指数：4
- 供职机构：浙江工商大学食品与生物工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金浙江省教育科学规划课题浙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生轻工技术与工程文化科学更多>>
- 微波技术在黄花菜多糖提取中的应用被引量：1
- 2015年
- 研究应用微波技术以黄花菜为原料提取黄花菜多糖的新工艺。在单因素实验的基础上,通过正交实验确定最佳提取工艺参数。结果表明,黄花菜多糖最佳提取工艺参数为微波功率490 W,提取时间100 s,液固比25∶1,提取2次。按此工艺参数提取,多糖平均得率为31.65%,RSD=2.21%(n=3);多糖平均含量为18.89%,RSD=2.63%(n=3);平均回收率为97.92%,RSD=3.13%(n=6)。与水提醇沉法相比,应用微波技术提取黄花菜多糖,每次提取的时间由3 h减少到100 s,而多糖含量提高了23.63%。
- 周纪东李余动
- 关键词：微波技术黄花菜多糖
- 醋酸菌中CRISPR位点的比较基因组学与进化分析被引量：1
- 2015年
- CRISPR(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats)是近几年发现的一种广泛存在于细菌和古菌中,能够应对外源DNA干扰(噬菌体、病毒、质粒等),并提供免疫机制的重复序列结构。CRISPR系统通常由同向重复序列、前导序列、间隔序列和CRISPR相关蛋白组成。本研究以醋酸发酵中常见3个属醋杆菌属(Acetobacter)、葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)和葡糖杆菌属(Gluconobacter)的48个菌株为研究对象,通过其基因组上CRISPR相关基因序列的生物信息学分析,探索CRISPR位点在醋酸菌中的多态性及其进化模式。结果表明48株醋酸菌中有32株存在CRISPR结构,大部分CRISPR-Cas结构属于type I-E和type I-C类型。除了葡糖杆菌属外,葡糖醋杆菌属和醋杆菌属中的部分菌株含有II类的CRISPR-Cas系统结构(CRISPR-Cas9)。来自不同属菌株的CRISPR结构中重复序列具有较强的保守性,而且部分菌株CRISPR结构中的前导序列具有保守的motif(与基因的转录调控有关)及启动子序列。进化树分析表明cas1适合用于醋酸菌株的分类,而不同菌株间cas1基因的进化与重复序列的保守性相关,预示它们可能受相似的功能选择压力。此外,间隔序列的数量与噬菌体数量及插入序列(Insertion sequence,IS)数量有正相关的趋势,说明醋酸菌在进化过程中可能正不断受新的外源DNA入侵。醋酸菌中CRISPR结构位点的分析,为进一步研究不同醋酸菌株对醋酸胁迫耐受性差异及其基因组稳定性的分子机制奠定了基础。
- 夏凯梁新乐李余动
- 关键词：醋酸菌CRISPR遗传进化
- 机器学习在微生物组宿主表型预测中的应用被引量：1
- 2021年
- 随着大数据时代的到来,如何将生物组学海量数据转化为易理解及可视化的知识是当前生物信息学面临的重要挑战之一。为了处理复杂、高维的微生物组数据,目前机器学习算法已被应用于人体微生物组研究,以揭示疾病背后的复杂机制。本文首先简述了微生物组数据处理方法及常用的机器学习算法,如支持向量机(SVM)、随机森林(RF)和人工神经网络(ANN)等,然后对机器学习的工作流程及其要点进行阐述,并探讨了机器学习算法在基于微生物组数据预测宿主表型方面的应用。最后以唾液微生物组数据预测口腔异味为例,实现了机器学习算法的模型构建与评估分析,并提供了可用于微生物组研究实践的R/Python代码(https://github.com/LiLabZSU/microbioML)。
- 李高磊黄玮孙浩李余动
- 关键词：大数据
- Windows下16S rRNA基因扩增子测序数据分析的简易流程被引量：3
- 2018年
- 微生物组数据分析需要掌握Linux系统操作,这对缺乏计算机知识的生物研究人员是一个很大的障碍。为此我们设计了一套在Windows的Linux子系统(WSL)下分析16S rRNA基因扩增子高通量测序数据的简易流程。本流程整合常用的开源软件VSEARCH与QIIME等,能对16S rRNA测序数据进行质量控制、OTU聚类、多样性分析及结果可视化呈现。以唾液微生物组分析为例,详细介绍从原始数据到多样性统计分析过程的参数和命令,及结果解读。教学实践证明,此流程易于学习,并有助于掌握微生物组的基本概念与方法。利用Windows系统最新的WSL功能,本流程方便Windows用户使用大量在Linux上运行的生物信息工具,有助于促进微生物组研究的发展。流程的安装程序与测序数据可从网址(http://www. ligene. cn/win16s/)免费下载使用。
- 方梅梅王禹煊王明月郑和龙张璐向沙沙张国庆李余动
- 关键词：RRNALINUX
- 探究式教学在基因组学课程中的实例研究:基于比较基因组学鉴定大肠杆菌致病因子被引量：4
- 2015年
- 基因组学是现代生命科学中众多"组学"研究方法的核心,越来越受到高校生物教学的重视,但目前关于其教学方法的研究报道较少。文章以大肠杆菌致病因子的比较基因组学教学作为一个专题教学实例,展示探究式教学法在基因组学课程中的应用。学生首先以Mauve软件比较不同大肠杆菌的基因组,分析基因的保守性,并以BLAST检索基因的功能注释信息,从而鉴定其是否为致病因子基因。在该专题教学中,整个教学过程通过情境、资源、任务、过程、评价5个模块来组织实施。教学效果表明,通过探究式教学的应用,学生在掌握基因组学课程知识与专业技能的基础上,提高了科研兴趣与自主学习能力。此外,该专题教学内容还可应用于其他相关课程如微生物学、生物信息学、分子生物学及食品安全检测技术等。
- 周纪东李余动
- 关键词：探究式教学基因组学致病因子
- 基于VOCSCUM方法开发高职生物技术专业课程体系被引量：1
- 2015年
- 运用就业导向的职业能力系统化课程(VOCSCUM)方法开发高职生物技术专业课程体系,实践证明,VOCSCUM课程体系的实施,可以在学生就业、师资培养和产教融合等方面取得一定的成效。因此,VOCSCUM课程体系的开发能为生物技术专业人才培养方案的制订提供科学的依据,也为其课程改革提供了一个切实可行的案例。
- 周纪东李余动
- 关键词：生物技术课程体系高等职业教育
- 黄花菜多糖的提取、结构性质及抑菌活性被引量：17
- 2015年
- 采用水提醇沉法,通过单因素试验和正交试验研究黄花菜粗多糖(crude polysaccharides from Hemerocallis citrina Baroni,CPH)的提取工艺,并利用Sevag法和H2O2氧化法提纯制备黄花菜精制多糖(deproteinized polysaccharides from Hemerocallis citrina Baroni,DPH),通过理化检验和紫外光谱、红外光谱、高效液相色谱分析,考察DPH的性质与结构,同时还研究DPH对铜绿假单胞菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、白假丝酵母、黑曲霉的抑制作用。正交试验结果表明,CPH最优提取条件为浸提温度75℃、浸提时间3 h、液固比20∶1(m L/g)、浸提2次。在此条件下,CPH提取率为28.36%。理化性质、光谱与色谱特征表明,DPH是一种具有α-型吡喃糖苷结构的水溶性杂多糖,是由L-鼠李糖、D-木糖、L-阿拉伯糖、D-甘露糖、D-葡萄糖和D-半乳糖组成,且可能是一种与蛋白质或多肽以共价键结合的糖复合物。抑菌实验结果表明,DPH对金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、大肠杆菌具有明显的抑制作用,相应的最小抑菌质量浓度分别为10、10、25 mg/m L。
- 周纪东李余动
- 关键词：黄花菜多糖抑菌活性
- 祁东黄花菜多糖的提取及含量测定被引量：1
- 2015年
- 以祁东黄花菜为原料,采用水提醇沉法提取出黄花菜多糖并进行含量测定。多糖含量测定方法为苯酚-硫酸法。在单因素试验的基础上,通过正交试验确定最佳浸提工艺条件。结果表明,黄花菜多糖最佳浸提条件为液固比20:1,80℃保温3h,浸提2次。按此浸提,多糖平均提取率为28.36%,R SD=2.04%;多糖平均含量为14.92%,R SD=2.85%;平均回收率为100.65%,RSD=3.28%。
- 周纪东李余动
- 关键词：黄花菜多糖
- 黄花菜多糖的测定方法研究被引量：3
- 2014年
- 研究一种准确测定黄花菜中多糖的方法。采用地衣酚-盐酸法测定黄花菜中多糖含量,以木糖作为标准对照品,检测波长650 nm。结果表明,黄花菜中多糖平均含量为15.82%,平均回收率为98.77%,RSD=2.25%(n=6)。该测定方法操作简便,重现性和稳定性较好,既适用于黄花菜多糖含量的测定,也可为其他戊糖含量高的多糖测定提供一种可行方法。
- 周纪东李余动
- 关键词：黄花菜多糖
- 黄花菜不同器官多糖的质量分数测定与抗氧化活性研究被引量：3
- 2014年
- 以黄花菜为原料,采用水提醇沉法提取黄花菜不同器官中多糖,以苯酚-硫酸法测定多糖质量分数,通过考察多糖对3种自由基清除效果来研究其抗氧化活性。结果显示,花、根、叶中多糖平均质量分数分别为15.27%,24.19%,5.84%,3种多糖对自由基均有一定的清除效果;花多糖对O2-·和·OH的清除效果很显著,清除率分别为92.56%和90.68%;根多糖对O2-·的清除效果也非常显著,清除率为95.62%;叶多糖对3种自由基的清除效果不是很显著,3种多糖对LPO的抑制效果不显著。综上表明,黄花菜的花多糖和根多糖具有很强的抗氧化活性。
- 周纪东李余动
- 关键词：黄花菜多糖抗氧化活性
