张慧
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
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- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪3个群体25种血液性状的全基因组关联分析
- 2016年
- 【目的】利用全基因组关联分析定位影响杜长大猪(DLY)、二花脸猪(EHL)和莱芜猪(LW)3个群体25种血液性状的染色体位点,为最后鉴定影响这些性状的因果基因提供前期基础,同时为猪抗病育种和生产提供参考。【方法】将610头杜长大三元杂猪在(180±5)日龄,336头二花脸猪和333头莱芜猪在(300±5)日龄进行统一屠宰。收集2 m L血液于抗凝管中,利用全自动生化分析仪进行25种血液性状的血常规检测。采集猪耳组织提取DNA并测浓度和质量。将质检合格的DNA样品利用Illumina 60K SNP芯片进行基因型判定。运用PLINK软件对判型结果进行质量控制,将合格的SNP标记用于后续的关联分析。使用R语言Gen ABEL软件包中的广义混合线性模型进行全基因组关联分析,定位影响3个群体25种血常规性状的显著性染色体位点。据全基因组关联分析结果,在Ensembl或NCBI网站上搜寻潜在的位置候选基因。【结果】杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪三个群体通过质控的有效表型数据个体数分别为552头、325头和281头。60K SNPs经过质量控制过后,杜长大猪剩余56 216SNPs,莱芜猪剩余49 343 SNPs,二花脸猪剩余35 974 SNPs,用于Meta分析的SNPs共有32 967。运用全基因组关联分析和Meta分析共定位到610个显著影响3个群体25种血液性状的SNPs,其中135个SNPs达基因组显著水平,475个SNPs达建议水平;分布在所有染色体上。在杜长大猪中共鉴别到32个基因组显著水平SNPs以及85个建议水平SNPs,且8种性状有基因组显著水平的SNPs,分别是淋巴细胞数目(LYM)、淋巴细胞比率(LYMR)、嗜碱性粒细胞数目(BAS)、嗜碱性粒细胞比率(BASR)、平均红细胞体积(MCV)、红细胞分布宽度变异系数(RDW_CV)、平均红细胞血红蛋白含量(MCH)和血小板分布宽度(PDW)。在二花脸猪中共鉴别到33个基因组显著水平SNPs以及139个建议水平SNPs,且9种性状有基因组显著水平的SNPs,分别�
- 刘晨龙杨慧张慧张志燕段艳宇
- 关键词：血液性状全基因组关联分析候选基因
- VRTN Promoter-hsp68-LacZ表达载体的构建与鉴定被引量：2
- 2015年
- 利用β-半乳糖苷酶(LacZ)报告基因对与猪脊椎发育相关的VRTN基因调节突变区进行研究和鉴别。使用通路克隆技术构建与VRTN基因的启动子区与热休克蛋白(hsp68)启动子及LacZ相连的报告载体,将其转染人肾上皮细胞系(HEK293T细胞),并将载体线性化后整合入HEK293T细胞基因组中进行上述表达质粒整合效率的评估。结果表明:利用通路克隆技术构建真核表达质粒快速准确;在脂质体介导下转染HEK293T细胞后,将细胞置于42℃热休克染色后检测转染效率60%左右;线性化后转染HEK293T细胞加新霉素G418筛选后可得到稳定遗传的整合有质粒的细胞。
- 张震徐盼张慧段艳宇
- 关键词：热休克蛋白
